「思い出して、翅（はね）があったころのことを」\r\n 1万2千年前の想いに応え、繋がったのは欠けたこころ。\r\n 太陽と月と火星が出会うとき、新たな合体の調べが流れる──！\r\n 湘南の海に浮かぶ小島、江の島。\r\n 美しくのどかなその浜辺に、〈私立江ノ島学園〉はある。\r\n 学園には、全国から優秀な子どもが集められ、\r\n 最新の機器を使った英才教育が施されていた。\r\n 特殊強化クラスの生徒〈エレメント〉に選ばれたサッコ、リミヤ、トシは、\r\n 感情の力で動く戦闘機〈ベクターマシン〉の操縦を命じられ、\r\n 謎の侵略兵器〈神話獣〉との戦いを余儀なくされる。\r\n 戦いのさなか、不可思議なヴィジョンに導かれ、サッコは叫ぶ──。\r\n 「想星合体！ GO、アクエリオン！」\r\n 繰り返される輪廻の果てに、現れた機械天翅アクエリオン。\r\n 宿命を背負った少年少女は、\r\n 得体のしれない団体〈宇宙たまごの会〉や大人たちの思惑が交錯す...
